上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女一个修炼风系的异能者居然凭借吹动天上的云层而使出了驭雷术的效果。就是这么一招，立时吓住了卫府里的所有侍卫，也就是在那些侍卫惊愣的时刻，神情不屑的石青峰信手一挥，一道格外狭长的风刃旋飞而出，正中屋中卫柱国的胸前。友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脫离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
